строителството на жп линията Разделна–Девня. През 1892 г. МНП нарежда фондът на музейната сбирка да се изпрати в София за създаването на централен музей. Въпреки съпротивата на варненската община през 1893 г. Всички материали са изпратени в София. През 1894 г. К. Шкорпил се завръща като учител във варненската Мъжка гимназия и подема инициативата за уреждане на нова музейна сбирка. На следващата година (1895) тя се пренася в сградата на новопостроената Девическа гимназия.

Много важна роля за разрастването на археологическата сбирка има създаването на Варненското археологическо дружество (ВАД) на 12 декември 1901 г. Още на учредителното събрание се взема решението дружеството да направи всичко необходимо за организиране на градски музей, който да издирва, съхранява и изучава паметниците от миналото на Варненски окръг. Това решение не се приема с охота от Централното археологическо дружество в София и от МНП. Възникват редица разногласия между местните дружества и София по въпроса имат ли право в провинцията да създават музеи. Това е и едно от условията ВАД да приеме да стане клон на Централното археологическо дружество в София. В резултат на продължителни преписки през 1902 г. МНП отпуска една стая във варненската Девическа гимназия за съхраняване на събраните старини. В същото време д–р Ив. Басанович като общински съветник и член на ВАД подема инициативата за създаване на градски музей. В резултат на 5 юни 1902 г. Общинският съвет утвърждава проектоустава на Варненския археологически музей. Осигуряването на необходимите помещения се протака дълго време от МНП и остава да съществува само археологическа сбирка в сутеренните помещения на Девическата гимназия с уредник К. Шкорпил и трима помощници–членове на дружеството.

След дълга подготвителна работа на 11 юни 1906 г. е осигурено помещение на тавана на Девическата гимназия и тържествено е открит Окръжен музей. В устава му е формулирано, че целта е населението да се запознае с историята на окръга от най–старо време чак до днешния ден. Предвиждало се да се обособят три отдела: Археологическо–исторически, Народописен (етнографски) и Природен. По–късно на базата на многобройните антични материали музеят се формира като археологически. През 1915 г. директорът на гимназията отнема таванската стая и музеят е преместен отново в сутерена. По време на Първата световна война експонатите са прибрани, за да се спасят от разграбване и евентуално унищожаване при бомбардировките на града. През 1923 г. Археологическият музей се връща в старото таванско помещение. Поради голямата ангажираност на К. Шкорпил с дейността на ВАД в музея са привлечени нови хора. От 1924 г. на щатна длъжност е назначен Ст. Андреев, който остава уредник до 1926 г. От тогава до 1936 г. уредник на музея е архимандрит Инокентий, който развива изключителна събирателска и популяризаторска дейност. По това време музеят е преместен в голямата зала и коридора на втория етаж на Девическата гимназия. От 1931 г. МНП въвежда практиката да командирова учители по съвместителство за уредници на Археологическия музей. От 1931 до 1933 г. –Милен Сакъзов, учител по рисуване в Мъжката гимназия. През 1932 г. –Милко Мирчев, учител по класически езици. Археологическият музей в София също командирова уредници във Варненския музей. От 1933 до 1935 г. –Стоян Велков, а от 1936 до смъртта му през 1950 г. –Сергей Покровски. През 1942 г. в музея отново е командирован Милко Мирчев, който след смъртта на К. Шкорпил е директор на Варненския музей от 1945 до 1962 г., а след това завеждащ Археологическия музей Варна.

През 1945 г. варненският музей е обявен за държавен. През 1950 г. му е предоставена сградата на първоначалното училище на ул. “Шейново”. Там през 1952 г. е открита новата му експозиция. От 3 март 1983 г. за експозицията на Археологическия музей е предоставен първият етаж от сградата на Девическата гимназия със съответните фондове в приземието като част от новия Историко–художествен музей. От 1993 г. сградата на Девическата гимназия изцяло е заета от възстановения Археологически музей. Създадена е нова експозиция с разгърната площ от около 2000 кв. м, там е представена и постоянна експозиция на икони от XVI–XIX в.

Днес Варненският археологически музей е сред най–големите музеи в страната. В него се съхраняват едни от най–забележителните и ценни паметници на световната култура. Той се превърна в културен и научен център с много висококвалифицирани специалисти. Музеят и неговите колекции представят България на десетки национални и международни изложби. Със свои самостоятелни изложби е гостувал на прочути музеи във Франция, Германия (два пъти), Япония, Израел, Италия и на световните изложения в Севиля (Испания)–1992 г., и Лисабон (Португалия)–1998 г. Паметниците от експозицията и фондовете на музея са база за работа на редица наши и чужди специалисти. Експонатите и музейните обекти Аладжа манастир и Римски терми са едни от най-посещаваните от хилядите туристи на Българското Черноморие.